Существующее породное разнообразие собак представляет уникальную возможность изучения генетического контроля многочисленных морфологических признаков, различное сочетание которых определяет породные стандарты. Иллюстрацией данного положения могут служить две из ныне существующих пород домашней собаки, контрастно различающиеся между собой хотя бы по таким морфологическим признакам, как рост и вес. Это порода английский мастиф, с одной стороны, у представителей которой высота в холке достигает 80см а вес тела превышает 100 кг, и порода чи хуа хуа, зо см и 2,5 кг.

Процесс доместикации включает отбор животных по их наиболее выдающимся признакам, с точки зрения человека. Со временем, когда собаку стали содержать, как компаньона и за ее эстетический вид, направление селекции изменилось на получение пород, плохо приспособленных к выживанию в природе, но хорошо приспособленных к человеческому окружению. Существует мнение, что «дворняжки» более здоровые, чем чистопородные собаки. Действительно, наследственные заболевания возможно чаще встречаются у домашних животных, чем у диких.

Аутбридинг может маскировать эффект многих рецессивных генов. Вмешательство человека в отбор и инбридинг способствует гомозиготности, и таким образом проявляются рецессивные гены, но выявление этих генов делает возможным их устранение путем дальнейшей селекции. Основной целью селекционной работы является максимизация генетического прогресса в популяциях животных. Такая постановка вопроса требует создания комплексной полифункциональной системы, включающей в себя как оптимизацию методов селекции, так и создание оптимальных паратипических условий, благоприятствующих максимальному проявлению генетического потенциала животных

Важным этапом племенной работы является так же выбор признаков, по которым должен проводиться отбор, и их всесторонняя комплексная оценка. Наиболее подходящим методом в этой ситуации выступает «системный подход». Он требует от селекционера детальных знаний значимости каждого признака и того, насколько его значение зависит от влияний окружающей среды, а также необходимость применения современных достижений в области популяционной генетики и биологии размножения. Так как ученые-зоотехники занимаются сельскохозяйственными видами животных, которые служат источником продуктов питания и сырья, издания по научной селекции и племенному делу в собаководстве появляются крайне редко.

Поскольку селекционный процесс предполагает улучшение популяции в следующем поколении, то учитываются не фенотипические характеристики непосредственных элементов селекционной стратегии (особей или пар скрещиваемых особей), а фенотипические характеристики их потомков. Именно в связи с этим обстоятельством и возникает необходимость описания наследования признака для селекционных задач. Пара скрещивающихся особей отличаются от остальных таких же особей своим происхождением и фенотипическими характеристиками признака как их самих, так и их родственников. На основе этих данных, если есть готовое описание наследования, можно получить ожидаемые характеристики потомства и, следовательно, оценки селекционных ценностей каждого из элементов селекционной стратегии.

При любых мерах, направленных против какой-либо генетической аномалии, первым делом нужно определить относительную важность «плохого» признака по сравнению с другими признаками. Если нежелательный признак имеет высокую частоту наследуемости и наносит собаке серьёзный ущерб, следует действовать иначе, чем в случае редкого проявления признака или его второстепенного значения. Великолепная по породному типу собака, передающая порочный окрас, остаётся гораздо более ценным производителем, чем посредственная, но с правильным окрасом .

Проблемы  дисплазии, гермафродитизма, трудных родов, поведения, не соответствующего породному типу остаются актуальными. Чтобы выявить носителей, надо уметь грамотно составить программу. Вышеперечисленные аномалии связаны между собой так как это - проявление системных эффектов, указывающих на то, что геном теряет свою стабильность. Эта разнородная масса нарушений и есть веер реакций нестабильного генома, отражение серьезных изменений в биохимическом статусе организма. Наиболее значительной помехой в данном случае является бессистемное введение новых инородных геномов в существующую популяцию, то есть, усиление межпопуляционной гибридизации и, соответственно, гибридного дисгенеза. Прежде чем широко использовать импортных производителей, желательно проверить их по качеству потомства на ограниченном количестве вязок. Появление большого числа системных аномалий в потомстве и будет показателем дисгенеза

При подборе производителей главным критерием служат титулы, полученные на выставках, самими производителями. Все меньше заводчиков прибегают к помощи специалистов при подборе пары, пользуясь своими эмпирическими методами. Вполне логичным выглядит тот факт, что основными селекционными единицами, вносящими максимальный вклад в поголовье, являются кобели-производители как правило «импортного производства» и далеко не всегда желаемого качества. Так как влияние отдельного кобеля на общее состояние породы намного сильнее, чем влияние любой отдельной суки (если только она не произвела на свет несколько уникальных сыновей), то развитие породы больше зависит от правильного подбора кобелей нежели сук. В результате при подборе: «он только что привезен из-за рубежа» и «он только что получил звание чемпиона» - занижаются темпы генетического прогресса популяций и эффективность ведения племенной работы.

Практически во всех странах мира для селекции производителей принята трехступенчатая схема, включающая в себя:
- отбор по собственной продуктивности;
- отбор по воспроизводительной способности;
- отбор в селекционные группы по результатам оценки по качеству потомства.

Основным этапом отбора, от которого во многом зависит результирующий эффект селекции, является оценка производителей по качеству потомства.

При этом нельзя забывать о наследственных аномалиях, которых может не быть у выбранного производителя, но могут быть у его братьев и сестёр. Стремящиеся к более правильному строению головы у собак, заводчики любой породы могут столкнуться с проблемами, особенно с перекусом и недокусом. Есть мнение, что селекция по массивной голове приведёт к брыластости и излишней сырости, а признаки хондродисплазии больше влияют на массивный костяк, чем на лёгкий. Установлено, что увеличение скелета неизбежно приводит не только к увеличению размера тела и веса, но и изменению экстерьера в целом; спрямлению углов сочленений задних конечностей, загруженности крупа и отвесный постав лопаток.

Единственным методом искоренения нежелательных признаков является селекция, и носители должны выбраковываться из разведения. Основа разведения большинства домашних животных заключается в том, что нежелательные аллели, как правило, имеют рецессивное наследование. Скрытые в генотипе рецессивные аллели, став гомозиготными, тут же проявляются в фенотипе, это явление мы наблюдаем, проводя инбридинг.

Один из самых успешных мастер-бридеров нашего времени Пэт Троттер сказала по поводу исследования родословных: «Когда вы смотрите в родословную животного, она говорит вам о том, каким оно должно быть, когда вы смотрите на животное в ринге это говорит вам о том, каким оно кажется. А когда вы смотрите на его потомков, это говорит вам, чем оно является на самом деле».

Ирина Олеговна Коршунова (Уткина)